COVID-19於2019年12月在武漢市首次被發現後，在2020年初迅速擴散至全球，在疫情中，口罩、酒精及疫苗成為最關注的三大防疫物資。2020年2月6日健保藥局參與口罩實名制代售業務，2021年5月19日疫情指揮中心宣布全台三級防疫警戒，5月27日全聯會理事長黃金舜代購市場上急需的公賣局酒精，5月29日新竹市藥師公會造冊施打AZ疫苗，6月19日健保藥局非醫事人員、藥助造冊施打，7月13日健保藥局開始民眾疫苗接種預約業務，這些都是對藥師及全民影響深遠的重大日程，也伴隨藥師們辛苦酸甜的足跡。
截至2021年12月22日止，台灣目前已到貨約4,178萬劑疫苗，慶幸我們已度過疫苗最艱困的時刻，回顧疫苗需求量的轉折點，5月15日單日新增180例本土個案，於是全民爭相施打疫苗，相較台灣約2,300萬人民，5月底前疫苗到貨僅87萬劑，感恩指揮中心明訂藥師是第一類人員的施打順位，讓醫院可優先施打醫院藥師，也感謝新竹市府、衛生局能讓診所、社區藥局藥師及具備藥事執業執照者能成為第一波施打站造冊施打人員，讓藥師們能更安全地在高風險的醫療環境中服務病患。
在疫情中，病患用藥安全不停歇，在全聯會黃金舜理事長的爭取下，2021年健保署提升用藥品質藥事照護計畫、末期腎臟病前期（Pre-ESRD）之病人照護與衛教計畫於7月1日開始執行、提升醫院用藥安全與品質方案於2月1日起生效，醫學中心及區域醫院有加護病房照護計畫、地區醫院有門診臨床藥事照護計畫，在這些照護計畫執行中讓藥師專業更有揮灑空間，也讓病患用藥安全更有保障。
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